Не нужно использовать запросы с моделями, нужно работать через DB. Иначе в моделях может измениться набор в свойстве $fillable и тогда миграции могут не отработать.
Ну нужно использовать вызовы методов. Нужно максимально уйти от готовых решений и использовать только чистый код. Иначе метод может измениться и логика миграций перестанет работать.
Не нужно использовать env(). Во первых её нужно использовать только в файлах конфигурации. Во вторых параметры кэшируются и если добавить параметр в env файл, а он не был закэширован, то параметр не будет определён. Поэтому с конфигами работаем только через config().